就这样，又几日过去了。
因为使徒只剩下了最后一只，NERV总部内，那根紧绷的弦似乎暂时松懈了下来。
渚薰，作为SEELE送来的“援军”，以第四适格者的身份正式加入了NERV。
他被安排驾驶修复后的EVA二号机，名义上是为了应对那迟迟未出现的、最后的使徒。
银色的发丝，红宝石般的眼瞳，以及那仿佛不属于凡尘的微笑，都让他与显得是如此与众不同。
然而，最让人感到不可思议的，是他对碇真嗣近乎本能的亲近。
“你的存在，很美好。”
渚薰曾不止一次地在模拟训练后，对满身是汗的碇真嗣如此说道，声音清澈而真诚，
“就像音乐一样，值得被温柔以待。”
对于这份突如其来的善意，碇真嗣有些无措，但更多的是一种被认可的慰藉。
他将之归结为同为EVA驾驶员的某种共鸣，渐渐地，这个谜一般的少年，成为了他为数不多的朋友。
但平静的表象之下，暗流汹涌。
葛城美里的办公室内，烟灰缸早已堆满了烟蒂。
她这几天都没睡过好觉，双眼布满血丝，死死地盯着桌面上那个小小的芯片。
这是加持良治交给她的东西，像一个潘多拉的魔盒，里面承载着SEELE那足以颠覆整个世界认知的“人类补完计划”的真相。
她必须做点什么。
但以SEELE的力量，她又怎么能保证这个消息能传到能帮助她的人手中呢？
虽然加持说会没事的，有个相当靠谱的人正在解决这件事，但……
下一刻，刺耳的警报声瞬间撕裂了整个NERV总部的宁静！
“紧急警报！MAGI系统遭到外部入侵！”
“敌方来源确认！是NERV德国支部、美国支部的MAGI复制体！”
“它们在同时攻击“CASPER”、“BALTHASAR”、“MELCHIOR”！这是协同攻击！”
指挥室内，所有人都被这突如其来的变故惊得呆立当场。
自己人攻击自己人？这到底是怎么回事？
“镇定！开启A-660防御壁！所有防火墙转入最高级别！追踪入侵源数据流，进行反向压制！”
赤木律子是第一个反应过来的人，双手在键盘上化作残影，冷静地指挥着数字世界的战争。
作为当今世界上最了解MAGI系统的人之一，赤木律子很快就稳定了局势。
但就在众人刚松了一口气的时候……
主屏幕上，联合国秘书长的面孔被强行切入，他的表情冷硬如铁，宣读着一份不容置喙的通牒。
“……NERV总司令碇源堂，涉嫌隐瞒情报，意图利用EVA引发第三次冲击，毁灭现有世界秩序，建立其个人独裁统治。
现联合国安全理事会一致决定，要求NERV立刻解除所有武装，放弃抵抗，接受全面调查！”
这番话如同一记重锤，狠狠砸在葛城美里的心上。
她瞬间明白了，这是SEELE的手段。恶人先告状！
对于那个隐藏在世界权力顶端，成员遍布各国政要的神秘组织而言，颠倒黑白，将NERV塑造成全人类的公敌，简直易如反掌。
可……为什么？
葛城美里的脑中闪过一丝强烈的违和感。
SEELE的目标是人类补完，为此他们需要使徒全部被消灭，然后利用初号机或者莉莉丝以及朗基努斯之枪来完成仪式。
可现在，最后的使徒明明还没有出现，他们为什么要在这种关键时刻掀桌子？
而且……从袭击开始到现在，碇司令和冬月副司令的人呢？指挥室里，竟然看不到他们的身影！
“警报！检测到高能量反应！在中央大垂直沟！是EVA！”
一名操作员的惊呼打断了她的思绪。
大屏幕上的画面瞬间切换，鲜红的EVA二号机，正以惊人的速度突破层层防御，如一颗陨石般向着地下最深处的终极教条区坠去！
“识别信号……PatternBlue！是使徒！”
什么？！
看到屏幕中，站在二号机肩膀上的渚薰，葛城美里的瞳孔骤然收缩。
那个叫渚薰的少年……那个SEELE送进来的第四适格者……他就是最后的使徒？！
这一切，从一开始就是SEELE布下的局？
可这说不通！SEELE难道想主动将人类补完计划的主导权，拱手让给一个使徒吗？
混乱的思绪还未理清，更加绝望的景象出现了。
屏幕外的巨大舷窗上，倒映出数个白色的影子。
它们如同折翼的天使，又像是来自地狱的秃鹫，缓缓从天而降，降落在第三新东京市的废墟之上。
一共九台，正是在剧场版中出现的量产型EVA。
量产型EVA落地之后，便开始配合联合国的军队开始破坏起nerv的设施。
“靠！”
葛城美里再也无法保持冷静，直接爆了粗口，
“快让初号机出击！目标优先处理地下的使徒！”
联合国那边或许还有谈判的余地，但使徒……使徒是无法沟通的绝对之敌！
“不行！出击失败！”
“MAGI的防火墙被攻破了！我们失去了最高指令权限！无法执行出击程序！”
赤木律子死死地盯着屏幕上不断崩溃的数据流，额头上渗出了细密的冷汗。
她设计的MAGI，她母亲心血的结晶，此刻却像一个被剥光了衣服的孩童，在敌人面前毫无还手之力。
这个世界上，比她更了解MAGI，能做到这种事情的人，应该只有一个才对？
但那个人不是已经死了吗？
“这到底……是怎么回事啊！！！”
……
与此同时，NERV地下最深处，终极教条。
广阔得如同地下神殿的空间里，一片死寂。
红色的LCL之海如血池般蔓延，而在中央，一个白色的巨人被钉在巨大的红色十字架上。
“原来如此……”
渚薰轻声呢喃，红色的瞳孔中倒映着巨人的身影，
“莉莉丝……张启，你没有说谎。”
下一刻，异变陡生！
二号机的操作系统界面瞬间变成一片血红，所有的控制权都在一刹那被剥夺。
EVA二号机伸出巨大的机械臂，一把将半空的渚薰攥在了掌心！
剧烈的震动和压迫感袭来，但渚薰的脸上却没有丝毫的惊慌。
他甚至露出了一丝了然的微笑，那笑容带着些许嘲弄。
“原来如此，是藏在机体核心里的傀儡系统吗？靠着这个来摆脱我的控制……
SEELE的剧本，NERV的剧本……你们人类，对此还真是乐此不疲啊……”
一边说着，一边望向下方那片深邃的阴影。
脚步声缓缓响起。
一个男人从阴影里，一步步走了出来。
他穿着NERV的制服，白色的手套一丝不苟，镜片下的眼神，比这地下的万年寒冰还要冷酷。
正是NERV的总司令，碇源堂。